二手離子色譜系統可以進行抑制型或非抑制型電導檢測，它由淋洗液、高壓泵、進樣閥、保護柱/分離柱、抑制器、電導池和數據處理系統組成。先分析已知組成和濃度的標準樣品溶液，由數據處理系統生成校正曲線，再分析經過必要前處理的樣品溶液，數據處理系統將其結果與先前生成的校正曲線進行比較，完成定性/定量的計算，得到樣品結果。
二手離子色譜系統樣品的收集和保存：
樣品收集在用去離子水清洗的高密度聚乙烯瓶中。不要用強酸或洗滌劑清洗該容器，這樣做會使許多離子在瓶壁上，對分析帶來干擾。
如果樣品不能在采集當天分析，應立即用0.45µm的過濾膜過濾，否則其中的細菌可能使樣品濃度隨時間而改變。即使將樣品儲存在4°C的環境中，也只能抑制而不能消除細菌的生長。
盡快分析NO2－和SO3－，它們會分別氧化成NO3－和SO4－。不含有NO2－和SO3－的樣品可以儲存在冰箱中，一星期內陰離子的濃度不會有明顯的變化。
對于酸雨、飲用水和大氣飄塵的濾出液可以直接進樣分析。對于地表水和廢水樣品，進樣前要用0.45µm的過濾膜過濾；對于含有高濃度干擾基體的樣品，進樣前應先通過預處理。
不同樣品中離子濃度的變化會很大，因此無法確定一個稀釋系數。很多情況下，低濃度的樣品不需要進行稀釋。