現在新型氣相色譜儀、氣相色譜-質譜聯用儀基本上都是采用毛細管柱進行分離分析。但是，毛細管色譜柱柱內徑較小，固定液的膜薄，用于食品中殘留物分析時，若使用不當，色譜柱性能很快就會下降。毛細管柱只能安裝在配有毛細管柱連接裝置的氣相色譜儀上。現在購買儀器時常規的配置是配毛細管分流/不分流進樣口。

　　（1）柱長度的選擇

　  分辨率與柱長的平方根成正比。在其他條件不變的情況下,為取得加倍的分辨率需有4倍的柱長。較短的柱子適于較簡單的樣品,尤其是由那些在結構、性和揮發性上相差較大的組分組成的樣品。一般來說，

　　15m的短柱用于快速分離較簡單的樣品，也適于掃描分析；

　　30m的色譜柱是常用的柱長，大多數分析在此長度的柱子上完成；

　　50m、60m或更長的色譜柱用于分離比較復雜的樣品。應該注意，柱長增加分析時間也增加。

　　（2）柱內徑的選擇

　　柱徑直接影響柱子的效率、保留性和樣品容量。小口徑柱比大口徑柱有更高柱效，但柱容量更小。

　　0.25mm：具有較高的柱效，柱容量較低。分離復雜樣品較好。

　　0.32mm：柱效稍低于0.25mm的色譜柱，但柱容量約高60%。

　　0.53mm：具有類似于填充柱的柱容量，可用于分流進樣，也可用于不分流進樣，當柱容量是主要考慮因素時（如痕量分析），選擇大口徑毛細管柱較為合適。

　　（3）液膜厚度的選擇

　　液膜厚度影響柱子的保留性和柱容量。厚度增加，保留也增加。

　　0.1~0.2(m：薄液膜厚度的毛細管柱比厚液膜的毛細管柱洗脫組分快，所需柱溫度低，且高溫下柱流失較小，適用高沸點的化合物的分析。

　　0.25~0.5(m：常用的液膜厚度。